В Карелии находятся крупнейшие озера Европы — Ладожское и Онежское. Выделяются своими размерами также Выгозеро (более 1000 км2), Топозеро, Сегозеро, Пяозеро, Водлозеро, Куйто, Самозеро. Всего здесь свыше 61000 озер общей площадью более 40000 км2. Озера площадью до 1 км2 составляют 97,4% и занимают около 10000 км2.
По происхождению озера Карелии можно разделить на сбросовые (наиболее глубокие — типа Топозера, Пяозера), ледниковые, котловины которых выпаханы ледником и подледниковыми потоками (озера средних и малых глубин), и запрудно-речные, появившиеся в результате преграждения речных долин ледниковыми наносами (Ондозеро, Гимольское).
Как и реки, все озера Карелии относятся к бассейнам Белого и Балтийского морей. Высота водораздела, который проходит от северной части Западно-Карельской возвышенности к южной части Сегозера, между озерами Онежским и Выгозером и далее на юго-восток в сторону Пудожского района, составляет 150-200 м.
Все крупные, средние и большинство малых (от 1 км2) озер — проточные или сточные, что благоприятно для жизни рыб и других живых организмов. Около 31000 мелких озер, лесных ламбин площадью до 1 км2 — временносточные. Они либо совсем безрыбные, либо населены измельчавшим окунем, плотвой, налимом. Проточные озера, соединенные реками, образуют сложную систему с естественным регулированием стока. Однако годовые колебания уровней большинства озер составляет в среднем 0,4-0,6 м.
Карельские озера имеют, как правило, развитую береговую линию (Кереть, Выгозеро, Топозеро, Пяозеро). Берега в основном невысокие, каменисто-валунные, песчаные. Встречаются и скалистые, обрывистые, высотой в несколько десятков метров. Многие, главным образом мелкие и средние, озера отличаются заболоченными берегами.
Характерная особенность карельских озер — большое количество островов на них (на Выгозере — более 500, Тикшеозере — около 350, Водлозере — до 200, Керети — более 140, Кончозере — более 100).
Средняя максимальная глубина озер 21,3 м, что в значительной мере объясняет широкое распространение здесь холодолюбивых рыб — хариуса, форели, ряпушки, сига.
Донная поверхность озер покрыта, как правило, илом, а у берегов — продуктами их разрушения. Поскольку донные илы содержат до 90% минеральных частиц, а температура на глубинах невысокая, процессы гниения в илах невелики, что также благоприятно влияет на жизнь рыб.
Подавляющее большинство средних и крупных озер имеет прозрачность воды 6-8 м при голубовато-зеленом цвете, что позволяет заниматься подводной съемкой.
Особенность глубоких озер Карелии — низкая температура в придонных слоях, которая летом составляет +7-10° С на глубине 15-27 м, а самые верхние слои прогреваются до +19-23° С. В озерах глубиной до 12 м разделение температур не наблюдается и разница между придонными и поверхностными слоями составляет не более 3° С, что объясняется ветровым и гравитационным перемешиванием вод. В июле-августе на малых и средних озерах, в мелководных заливах больших озер вода в поверхностных слоях нагревается до 24-25° С, а в крупных озерах северной Карелии (Топозеро, Пяозеро) — до 18° С. Резкое похолодание воды начинается обычно в конце августа.