Среднелетний расход воды в истоке около 1,2 куб. м, перед впадением Олонги — 6 куб. м, в устье — 8,2 куб. м/сек. Распределение стока по месяцам: июнь — 156, июль — 78, август — 66 % от среднего летнего. В целом по маршруту водность нарастает более или менее равномерно, за исключением участка после порога Софринский, на котором она заметно увеличивается (примерно в 1,5 раза). Единственный крупный приток — р. Олонга — впадает в Шую в 15 км от устья, перед Большым Падуном.
Скорость течения на плесах 0,5-1 км/час, преимущественная ширина реки 20-25 м. Шуя имеет широкую заболоченную пойму (по-карельски шуо — “болото”). Коренные породы выходят к воде на отдельных участках высокими берегами, иногда образуя каньоно-образные сужения: на порогах Белая Лошадь, Банзай.
Средний уклон реки 1 м/км, продольный профиль переходного типа. В отличие от большинства рек Северной Карелии с небольшими расходами воды (Воньга, Кузема, Поньгома), на которых средняя длина и сложность препятствий постепенно нарастают от истока к устью, а сами препятствия распределены по длине реки доста-точно равномерно, на Беломорской Шуе большинство препятствий сконцентрированы в середине маршрута. В начале же их мало, идут болотные плесы, а в низовьях — разделенные длинными плесами, мощные (часто непроходимые) не пороги. Переход от верховьев к средней части на Шуе выражен очень резко.
Большинство препятствий представляет собой перекаты и шиверы преимущественной длины 100-300 м, сложенные наносным материалом. Выходы скальных пород образуют пороги с выраженными сливами, как правило, непрямыми. Таковы пороги Темный, Софринский, Чайник, Белая Лошадь, Директор, Слива, Ремиз, Сосновый, Московский, Предбанник, Пуло-порог, Большой Падун, Щелиный.
